Virus Ninja 2 é um jogo de reacção em que o jogador tem de cortar os vírus em pedaços. As estirpes de vírus perigosos estão a espalhar-se por todo o lado. Neste jogo, o jogador pode atacá-los como um ninja, cortando os vírus em dois e fazendo-os explodir. O objectivo é matar o maior número possível de vírus dentro do tempo dado, e encher o termómetro no lado direito do ecrã.